En 1295 disparaît Richard de Belfort. Sa fille Houdiennette hérite de la dîme et du moulin de Bethonvilliers. Le village est situé sur la rivière La Madeleine qui descend des Vosges toutes proches après avoir traversé les villages d’Étueffont et d’Anjoutey. Cette situation pourtant banale a provoqué jusqu’en 1630 la partition du village en Bethonvilliers-rive-droite (dépendant de la prévôté de Belfort) et Bethonvilliers-rive-gauche (rattaché à la seigneurie de Rougemont-le-Château…
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