Au Moyen Âge, le territoire de la commune relevait de la seigneurie de Novéry. En son centre se dressait la maison forte de Novéry. Sa prise par le comte de Genève au XIIIe siècle est la première mention du village éponyme.
Très faiblement peuplée (environ 120 personnes en 1605, 330 en 1783 et 643 en 1872) la commune est essentiellement agricole. Minzier fut jadis proche d’un pèlerinage qui tomba en désuétude…
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