Le nom de la commune vient probablement du latin navis qui signifie navire, bateau. À l’époque gallo-romaine, la corporation des nautes de la Saône réglait la navigation sur la Saône et le Doubs. Il semblerait que le site soit occupé depuis la période gauloise.
Au xie siècle, Navilly est le siège d’une seigneurie importante, tenue par une branche cadette de la famille des Milonides à laquelle appartenait le comte Otte-Guillaume, adversaire du roi Robert le Pieux dans la guerre de succession de Bourgogne…
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