En avril 1164, le pape Alexandre III, délivre une bulle à l’abbaye de Saint-Martin d’Autun, confirmant les donations qui lui furent jadis faites dont l’église de Thoisy-le-Désert dite ecclesiam Thosiaco.
Napoléon Ier, alors âgé de 9 ans 1/2, séjourna au château de Thoisy-le-Désert au printemps de 1779, sur le trajet qui devait le conduire à l’École de Brienne…
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