Tirant son nom du latin clarus (clair) et juris (hauteur boisée), la commune s’appelait le Clerjoux jusqu’au début du xviiie siècle.
Le chemin de Saint-Loup est une ancienne voie romaine venant de Luxeuil.
Le Clerjus était le chef-lieu de canton d’une communauté, qui faisait partie du comté de Fontenoy…
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