En 967, le village se nommait « Cussiacus », en 1033 « Cusciacus », puis en 1049 « Villa Cussiacum » et c’est en 1269 qu’il prit le nom de « Cussey », avant de changer pour « Cuisens » en 1275 et prit peu à peu le nom de « Cussey sur l’Ognon » qui est aujourd’hui son nom actuel. L’étymologie de ce nom proviendrais du mot celtique « Cus » qui voudrait dire rocher. Après plusieurs transformations, le nom « Ognon » provenant de la rivière de l’Ognon s’est ajouté…
(source wikipedia)