La richesse du sol, la qualité du site, prédestinent la ville à devenir un fief important des Comtes de Bourgogne. Seigneurs et religieux élevèrent de nombreux édifices. Le bourg s'étend alors autour de l'église Saint-Just et de la forteresse comtale. Au XIIIème siècle, il est protégé par une épaisse muraille flanquée de tours.
Longtemps balancé entre le Saint Empire romain germanique et le royaume de France, la seigneurie d'Arbois est aux XVIème et XVIIème siècles une terre des princes de Habsbourg, et rois d’Espagne. La cité devient française en 1674 après le siège de Louis XIV...
(image et extrait du site officiel de la commune)