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La présence de nombreuses médailles antiques et des débris de constructions plaident en faveur d'un habitat ancien. Les restes d'une villa gallo-romaine se trouvent au lieu-dit Les Bouchies
Le village de Joux-la-Ville est cité en 1104 sous le nom de Jugae ou Jugum. Le village était autrefois divisé en deux parties : Joux-le-Châtel relevant du comté de Noyers, et Joux-la-Ville dépendant de celui d'Auxerre. La première appellation viendrait selon Courtépée des « vestiges d'un très-ancien château ruiné de fond en comble »...
(source wikipedia)
