En 1126, c'est le comte Pierre de Lutzelbourg qui fait don du ban de Eggoltswiller (le nom du village en ce temps) à l'abbaye de Saint-Jean-Saverne.
Au fil des siècles, la localité a eu plusieurs seigneurs, en 1700 elle appartient à l'évêque de Strasbourg qui la cède de nouveau à l'abbaye en 1718.
Comme nombre de communes de la région, Eckartswiller a souffert du passage de troupes militaires aux xive et xve siècles et durant la guerre de Trente Ans...

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