Le territoire était habité dès les temps préhistoriques puisqu'on a retrouvé des outils en pierre taillée. Durant le Moyen Âge le territoire communal était divisé en deux paroisses, Saint-Gilles et Germain, qui dépendaient de l'abbaye de Saint-Florent-le-Vieil.

L'histoire de Botz-en-Mauges a été marquée par la guerre de Vendée où Botz était au cœur du conflit...

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