L’origine étymologique de ce nom n’a rien à voir avec la vigne. Selon l'ouvrage Les noms de lieux du Jura de Gérard Taverdet, le nom provient vraisemblablement du nom d'un Gallo-Romain, dénommé Lavinius.

Au xiie siècle, il eût l’influence de l’abbaye de Baume-les-Messieurs qui possédait le territoire de Lavigny. En 1252, Lavigny devint membre de la baronnie du Pin...

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