Établi de très longue date, Saint-Père est situé près du gué de l'ancienne voie menant d'Autun à Auxerre par Quarré-les-Tombes.
Vers 6000 av. J.-C., des Hommes s'installent sur le site de Saint-Père car la terre y est fertile et l'eau proche. De cette époque, les fouilles archéologiques ont mis au jour un caillebotis constitué de galets brisés et des silex taillés...

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