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En 967, le village se nommait "Cussiacus", en 1033 "Cusciacus", puis en 1049 "Villa Cussiacum" et c'est en 1269 qu'il prit le nom de "Cussey", avant de changer pour "Cuisens" en 1275 et prit peu à peu le nom de "Cussey sur l'Ognon" qui est aujourd'hui son nom actuel. L'étymologie de ce nom proviendrais du mot celtique "Cus" qui voudrait dire rocher. Après plusieurs transformations, le nom "Ognon" provenant de la rivière de l'Ognon s'est ajouté...
(source wikipedia)