L'ancien prieuré bénédictin de l'abbaye de Thiron fut fondé en 1115. L'église de Cloyes servit de halte aux pèlerins de Saint-Jacques-de-Compostelle. En 1212, le jeune berger Estienne rassembla des jeunes (ou pauvres) de la région pour ce que l'on appela la croisade des enfants.
Cloyes-sur-le-Loir fut érigée en ville par François Ier en 1545...
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